主动脉瓣程序运行说明

投稿CMAME的论文返回了修改意见，需要重新跑一些程序，顺便增加一些features。

加密主动脉管道的网格密度，以及固定位移的惩罚系数，以观察压强的斑点是否减少。
增加背景网格密度，重新跑程序
用V100、P100重新跑一遍，比较不同模块的时间
为网格创建modelscope仓库
添加swanlab功能
将flowrate上传到swanlab
时间统计采用浮点数

分支 cmame-1

此分支从Commit: 5a67c5d6262fb745af53c89a7005956ee25bd767创建，目的是为了文章的修改意见修改一部分代码。

1
2
3
4
5
source .bashrc # 激活环境
cd build  && cmake .. && make -j # 编译
python3 ../demos/demo_3392.py  # 生成配置文件
taskset -c 101 nohup ./gfem_main_av config/test101.json > log/gfem-101.out & # 后台运行程序
git archive --format=zip --output=cmame-1.zip cmame-1 

现在创建分支cmame-1，需要进行分析。将所有文件放到同一个中运行。

在分支中运行。

网格

网格文件放在哪一直是一个令人头疼的问题。

加密主动脉管道的网格：

网格现在同一放到hugging face 的私有仓库中，需要添加密钥才能下载。 git clone [email protected]:datasets/mapengfei/mesh-cardiology
网格文件通过 gzip mesh.xda 命令压缩后上传。
生成瓣膜叶的xdmf网格，之后按次序执行四个程序。
python3 1.mesh_data.py
gunzip -k *.gz 解压gz文件，但是不删除它们

在 P100 和 V100 上的运行

需要在 P100 和 V100 两种设备上重新运行主动脉瓣膜的流固耦合程序。更多信息请参见：Release PAPER-CMAME-2025 · npuheart/npuheart。在运行之前，请先确认 cat ~/spack/var/spack/environments/kokkos/spack.yaml 文件的内容，确保依赖的安装正确，然后再编译运行程序。

1
2
3
spack env activate -p kokkos
spack concretize -f
spack install

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
# spack-0.22.3.tar.gz
spack:
  specs:
  - [email protected] +cuda cuda_arch=70 %[email protected]
  - [email protected] ~openmp +cuda +cuda_lambda +cuda_constexpr +wrapper cuda_arch=70 cxxstd=20
  # FEniCS
  - [email protected] +zlib build_type=Release cflags="-O3"
  - [email protected] +mumps +hdf5
  - [email protected]
  - [email protected] +cuda
  - [email protected] +optimizations
  - py-matplotlib
  - [email protected]
  # NPUHeart
  - muparser # 2.3.4
  - [email protected]
  - [email protected]
  - py-pip
  - spdlog
  - pugixml
  view: true
  concretizer:
    unify: true

  packages:
    all:
      compiler: [[email protected]]

features

流体求解器需要作为插件，独立于整个流固耦合系统，可以独立切换。

现在的时间统计结果：